まず最初に「大手サイトにはあって他サイトにはないもの」について。
・頻繁な更新
・常に新しいものを提供
・ネタが面白い
・便利
・誰に対してでもコミュニケーションが長けている

これは大手というか「模範的な個人サイト」な気がします。大手サイトってそれほど頻繁な更新がないような気が。
当サイトを考えてみると「便利」が微妙ですが他は結構当てはまってませんでしょうか？(ぉ

次に「他サイトはあって大手にはないもの」。他サイトというのはこの場合「個人サイト」のことです。

・サイト内容と掲示板の内容がローカルもしくは身内にしかわからない
まぁこれはこれでありとは思うんですけどね(笑)。サイトを大きくしよう、誰にでも見てもらおうと思うのなら慎むべきですね。
ウチの場合は時々身内ネタもありますが、やはりそこはあまり書かないように心がけてます。書く場合も、見ず知らずの人が興味持ってくれるような書き方を心がけてます。

・無断リンク、直リンク禁止
最近は見なくなりましたが、「リンクの際はご一報下さい」はやはりあまり良い印象は受けませんね。
一方直リンク禁止というのはサーバへの負担がかかる(ことを把握出来ない可能性がある)ことや、作品の作者である自分のことが知られないという意味でこれはいけないことではないと思います。
ウチもmp3への直リンクはご遠慮頂く様お願いしてます。

・身内や常連との線引き
個人的にはしないようにしてるつもりです。ため口だってべっく。。くらいにしか使いませんし(笑)。でもウチの場合コメントするとコメント欄に名前が載るようになってるので初見の方はコメントしづらいんですかね･･･。でも管理人的にはこれが無いと嫌です(死

・更新について文句を言う
んーまぁ別にやる気が無いと見られてもいいんじゃないですかね？そもそも「面倒くさい」って書く時点でそのくらいの覚悟は出来ているかと(笑)。
ちなみに俺の場合面倒臭さはあまりないですね。MTにしてからはアップロードするのに時間が掛かるのが嫌だと言えば嫌ですが。

・ローカルルール
これは個人的に一番嫌な印象を持つ原因ですね。「掲示板では敬語でお願いします」とか「素材を使う場合は絶対リンクして下さい」とか。後者はまぁ仕方ないと思うのですが、書き方一つで凄く印象悪くなってるサイトが多いので。
ウチは特にないですよね？(何)俺個人が使わないだけで、顔文字とか2ch用語だとかvip用語だとかギャル文字だろうが萌え弁だろうが何でもOKですよ。まぁ良識の範囲で(笑)。

・個人もしくは個人サイトに対し批判
これは難しいところなんですがね。多分大きくなってしまったサイト(アクセスが多くなった個人サイト)の管理人さんが「昔の方が良かった」と感じるのがここからじゃないですかね。例えば有名なアーティストの新曲がイマイチだとか発言したら一斉に苦情のメールが来たりだとか。ってこれはちょっと違うか(死
個人サイトに対する批判という意味ではそんなの当たり前ですよね。以前批判のやり取りをサイト上で平気に行っている複数のサイトを見ましたが、そんなものメールでやれと(笑)。これも批判になるのかな？まぁでも一般的な考えだと思うので撤回はしません(ぉ